La planta inferior del monasterio antiguo, tiene dos zonas, la sala de los concilios y la primitiva iglesia mozárabe. Esta última tiene la advocación inicial a los santos Julián y Basilisa, y consta de dos naves con cabeceras rectangulares dedicadas a los santos citados y a San Juan Bautista. La puerta tiene arco peraltado de caracter visigótico y las cabeceras están excavadas en la roca. La iglesia se amplió posteriormente con una nave única que se encuentra en el nivel inferior. Como detalles decorativos cabe resaltar la decoración de pinturas con escenas del martirio de los santos Cosme y Damián y una crucifixión, pinturas románicas del Siglo XII, y unas hornacinas en los ábsides en sustitución de las imposibles ventanas. Junto a la iglesia se halla, en un nivel inferior, la Sala de los Concilios, de forma trapezoidal y dividida en dos naves por cuatro columnas con arcos de medio punto. El nombre deriva de un posible concilio celebrado en la misma en tiempos de Ramiro I, aunque utilitariamente pudo haber sido el dormitorio de los monjes.